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Bioinformática, bioestadística y sistemas de información (Bio2SI)

Descripción general

La Plataforma de Bioinformática, Bioestadística e Informática y Sistemas de Información del IIS Biobizkaia proporciona soporte científico y tecnológico transversal a los grupos de investigación del instituto, facilitando el manejo, análisis e interpretación de datos biomédicos complejos. Su objetivo principal es impulsar la investigación de excelencia mediante herramientas avanzadas de análisis computacional, asesoramiento metodológico y soluciones informáticas adaptadas a las necesidades de cada proyecto.

Esta plataforma integra conocimientos especializados en tres ámbitos complementarios (bioinformática, bioestadística y sistemas de información) lo que permite abordar de forma integral los retos que plantea la investigación biomédica moderna. A través de un enfoque colaborativo, promueve la eficiencia en la gestión de datos, la calidad en el análisis y la innovación tecnológica en el IIS Biobizkaia.

Actividades y servicios

Estas son las actividades y servicios que realiza la plataforma:

Bioinformática

  • Análisis de expresión genética.
  • Análisis unicelular.
  • Llamada de variantes, anotación y priorización.
  • Análisis GWAS.
  • Análisis epigenético.
  • Análisis proteómico y metabolómico.
  • Integración de datos y biología de sistemas.

Bioestadística

  • Colaboración en el diseño de bases de datos.
  • Creación de planes estadísticos, estrategia de adaptación del diseño y análisis intermedios, y en general aplicación de herramientas de optimización de la eficiencia de los proyectos.
  • Depuración, procesamiento de datos y diseño de planes de análisis estadístico. Desarrollará los análisis estadísticos y la interpretación de resultados.
  • Cálculo del tamaño muestral.
  • Creación de listas de aleatorización.

Informática y sistemas de información

  • Diseño y desarrollo de la estructura de información del Instituto y selección del software necesario.
  • Diseño, desarrollo y mantenimiento de la página web del instituto. Revisión y actualización de los contenidos de la página web del Instituto, siempre en contacto con sus autores.
  • Manejo de sistemas operativos Linux y Windows. Gestión de eventuales accesos informáticos de los investigadores visitantes en sus propios ordenadores y/o en los ordenadores del Instituto Biobizkaia, incluyendo el acceso a Internet, correo electrónico, así como servicios de impresión/escaneo.
  • Asesoramiento técnico en aplicaciones y equipos informáticos: solicitud de ofertas, elaboración de informes y propuesta de selección en colaboración con otros agentes implicados.
  • Configuración de equipos y aplicaciones informáticas: configurar e instalar nuevos equipos/aplicaciones informáticas.
  • Gestión de incidencias de los usuarios e interrelación con los servicios informáticos del centro.
  • Diseño de hojas de recolección de datos (papel).
  • Diseño de bases de datos: Asesoramiento en la fase de diseño de la BD (selección y codificación de variables, estructuración y relaciones de los datos, selección del software gestor de datos, etc.).
  • Desarrollo de base de datos local completa: Implantación de funcionalidades para su explotación, consulta, depuración, control de calidad, etc.
  • Preparación de datos para su explotación y análisis: procesos de consulta, validación, depuración y exportación a programas estadísticos.
  • Oficina Técnica de Proyectos: Asesoramiento técnico e interlocución para proyectos desarrollados por empresas externas (identificación de necesidades, seguimiento de ejecución, etc.).

Infraestructuras

En la actualidad, la Plataforma de Bioinformática, bioestadística y sistemas de información (Bio2SI) posee la siguiente infraestructura:

High process computer (HPC)

HPC Izaro

El clúster de computación consta de las siguientes características:

  • 1 Nodo de administración X430 A6. 1 procesador AMD Turin 9655 con 96 cores a 2,6GHz de frecuencia. 128 GB de RAM y 2 discos SSD 0.96 TB.
  • 3 Nodos de cómputo Thin Bull Sequana X440 A6. Cada uno con 2 procesadores AMD Turin 9655 con 96 cores a 2,6GHz de frecuencia. 1152 GB de RAM (6 GB por core) y 2 discos SSD 0.96 TB.
  • 2 Nodos de cómputo Fat Bull Sequana X430 A6. Cada uno con 1 procesador AMD Turin 9655 con 96 cores a 2,6GHz de frecuencia. 1152 GB de RAM (12 GB por core) y 2 discos SSD 0.96 TB.
  • 1 Nodo de cómputo GPU Bull Sequana X450 A6. 1 Nvidia L40S. 1 procesador AMD Turin 9655 con 96 cores a 2,6GHz de frecuencia. 1152 GB de RAM (6 GB por core) y 2 discos SSD 0.96 TB.
  • Sistema de almacenamiento de alto rendimiento con 830 TB netos en scratch tipo Beegfs. Los servidores de almacenamiento son 2 Bull Sequana X430 A6, cada uno con 1 procesador AMD Turin 9655 con 96 cores a 2,6GHz de frecuencia. 128 GB de RAM y 2 discos SSD 0.96 TB.
  • Sistema de almacenamiento tipo cold de 220 TB.

Más información

Formularios de contacto

Solicitud de cuenta para el uso de HPC Izaro

Formulario de contacto - Bioinformática

Formulario de contacto - Bioestadística

Formulario de contacto - Informática y sistemas de información

Integrantes de la plataforma

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Plaza Cruces S/N | 48903 Barakaldo
Tel.: 94 618 26 22

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