Descripción general

La ciencia de la genética ha contribuido decisivamente al avance de las ciencias de la salud, sobre todo, desde el desciframiento del Genoma en el año 2000.

Las aplicaciones al diagnóstico y prevención aumentan de forma importante en medicina y salud pública, y el número de tests genéticos disponibles crece de forma exponencial. Se calcula que más de 100.000 personas en Euskadi pueden sufrir o sufren de alguna enfermedad de base genética o son portadoras de la misma.

Con los programas existentes de cribado y prevención cada vez más la ciudadanía vasca tiene que tomar decisiones que le afecta de manera importante, a sí misma, a su futuro reproductivo y a su familia.

Misión

Prestación de servicios de conocimientos y tecnología en Genética-Genómica para la investigación y asistencia.

Esta prestación de servicios se realizará para atender la demanda de los ciudadanos y pacientes, siendo vehiculizada a través de los investigadores y clínicos investigadores del Hospital Universitario Cruces.

Visión

Aspiramos a ser la unidad de genética-genómica de referencia de todo Euskadi, con áreas de excelencia modelo en todo el estado español y a nivel internacional.

Valores

• Profesionalidad
• Compromiso con la Calidad
• Buena organización e impecable relación investigación-asistencial (convenios, contratos, etc.)
• Orientación al cliente (Prestación de servicio al investigador, hospitales, empresas tecnológicas, UPV/EHU, clínicas privadas, otros)
• Actividad permanentemente investigadora e innovadora.

Infraestructuras

En la actualidad, el servicio posee la siguiente infraestructura:

Analizadores genéticos ABI3130 y ABI3130xl (Life Technologies)

Emplean la tecnología de electroforesis capilar permitiendo carreras simultáneas de 4 y 16 capilares. Permiten lecturas de hasta 328,000 bases/24hro 23,040 genotipos/24hr (con determinación de 5 fluoróforos), con unos rangos óptimos de lectura en amplicones de hasta 950 pares de bases.

Aplicaciones:

• Secuenciación Sanger (secuenciación ‘de novo’ y resecuenciación).
• Análisis de microsatélites
• Polimorfismos de longitud de fragmentos amplificados (AFLP)
• Pérdida de heterozigosidad (LOH)
• Validación y detección de SNP, MLPA, MS-MLPA, QMPSF, etc.

Sistemas de PCR cuantitativa a tiempo real: 7300 Real-Time PCR System y 7900HT Fast Real-Time PCR System (Life Technologies)

Permiten medir la PCR a tiempo real en formato de 96 o 384 pocillos o Arrays de Baja Densidad Taqman® (TLDA) para la cuantificación absoluta y relativa de ácidos nucleicos, melting de alta resolución y genotipado de SNPs de baja productividad.

Aplicaciones:

• PCR y PCR a tiempo real.
• Análisis de expresión génica (absoluta o relativa).
• Discriminación alélica (genotipado de SNPs).
• Detección y cuantificación de patógenos.
• Cuantificación de número de copias génicas, etc.

SureScan Microarray Scanner (Agilent Technologies)

Escaner de microarrays, tanto para el análisis de CGH-arrays (Comparative Genome Hibridizatio Arrays) como de microarrays de expresión. Para su análisis, las herramientas informáticas de las que se dispone son: CytoGenomics (Agilent Technologies) y Genoglyphix® (Perkin Elmer). Se dispone de una amplia gama de arrays comerciales y también cabe la posibilidad de usar microarrays personalizados. Los formatos de los array son muy flexibles y van desde desde 1 array por cristal de 1M a 8 arrays por cristal de 60K, pudiéndose detectar cambios de hasta 100-150Kb.

Aplicaciones:

• Detección del número de copias y o SNPs.
• Estudio de síndromes de microdeleción por medio de CGH-arrays.
• Análisis de expresión de genes tanto en muestras germinales como somáticas por medio de microarrays de expresión.

Iontorrent PGM (Life Technologies)

Secuenciador masivo (Next-generation Sequencing) de última generación de Life Technologies. Esta plataforma es una herramienta sumamente precisa en la detección de variantes genómicas y permite secuenciar varios genes en un único ensayo, con el consiguiente ahorro en tiempo y dinero. Se trata de una tecnología escalable, es decir se pueden analizar cientos de genes a la vez utilizando hasta 6144 primers en una PCR ultrahigh-multiplex, y permitiendo secuenciar en un único ensayo hasta 2Gb en unos 5 millones de lecturas. Otra de las ventajas es que la cantidad de material genético necesaria es sumamente pequeña por lo que esta técnica se puede aplicar en muestras de diferentes orígenes como son células sanguíneas, tejido congelado, FFPE, líquido amniótico o una única blastómera para diagnostico preimplantacional.

Aplicaciones:

• Secuenciación masiva de paneles de genes por medio de paneles comercializados.
• Diseño y secuenciación masiva de paneles de genes a la carta.
• Detección de aneuploidias y CNVs. En un mismo análisis se pueden analizar aneuploidias y mutaciones puntuales en varios genes.
• Secuenciación de RNA (RNAseq).
• Estudios de metagenómica (tipificación de microorganismos)

QX200 Droplet Digital PCR System (BioRad)

Este equipo permite realizar cuantificacione sabsolutas de moléculas DNA y RNA de manera más precisa y con mayor sensibilidad.

Aplicaciones:

• Cuantificación absoluta de ADN: Mide cantidades de copias de ADN. Aplicable también a carga viral y cuantificación microbiana.
• Variación en número de copias (análisis de CNVs): Mide número de copias de genes sensibles a esta dosis y responsables de diferentes enfermedades.
• Detección de secuencias raras. Por ejemplo, detectar ADN de células tumorales dentro de un tejido sano.
• Expresión de genes y análisis de microARN (miRNAs): Mide expresión de genes diana incluso en muestras poco abundantes, como los miRNAs.
• Aplicado a la secuenciación masiva (NGS): Cuantificación de librerías de ADN. Validación de SNPs o CNVs por cuantificación absoluta.
• Análisis de una sola célula: debido a la precisión de la cuantificación de un número bajo de copias.

2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)

Se trata de un sistema nanofluídico que fragmenta por tamaños moléculas pequeñas de DNA, RNA y proteínas, además de citometría de flujo de un número pequeño de células en un mismo equipo, mediante electroforesis en pequeños chips; aportando datos digitales de alta calidad.
Es capaz de cuantificar y determinar la calidad del RNA y la cantidad de una forma más fiable y rigurosa que los sistemas tradicionales, permitiendo obtener un algoritmo denominado RIN (RNA Integrity Number) que determina la calidad de las muestras de RNA eucariótico total en base a un rango numérico del 1 al 10.

Aplicaciones:

• Comprobación de calidad del RNA: ofrece datos del RNA total. Tamaño y cuantificación.
• Análisis de DNA no genómico: separación y cuantificación de alta resolución del ADN. Cuantificación y valoración de la calidad de las librerías de NGS (Next Generation Sequencing)
• Alternativa a SDS-PAGE para el análisis de proteínas: modo rápido y fiable de determinar la cantidad y la pureza de proteínas en todo el rango de sensibilidad.

Fluorímetro Qubit 2.0 (Thermofisher)

Permite cuantificar con una gran sensibilidad y precisión DNA, RNA y Proteínas. La cuantificación de ácidos nucleicos y las proteínas en la muestra es mediante la emisión de fluorescencia que emite un fluorocromo solo cuando este se une a la molécula, eliminándose el efecto negativo que producen los contaminantes (incluyendo DNA y RNA degradado) en la cuantificación.

Aplicaciones:

• Cuantificación de ácidos nucleicos para posteriores técnicas como qPCR o NGS.
• Cuantificación de proteínas.
• Análisis de calidad de las librerías para NGS, antes y después del enriquecimiento de las Ion Sphere Particles positivas.